Впервые в Windows Server 2016 теперь можно использовать контейнеры, позволяющие изолированно создавать и развертывать приложения. Данная технология будет тесно связана с технологиями компании Docker, которая разрабатывает данные решения для платформы Linux. Теперь инновационный программный интерфейс и набор инструментов Docker будет функционировать на платформе Microsoft, интегрирован с облаком Microsoft Azure, а также позволяют управлять мультиконтейнерными приложениями независимо от того, где они размещены.

Также был улучшен функционал Nano Server (добавление консоли аварийного управления и новые сценарии Powershell для создания защищенных Nano Azure Virtual Machines), разработан сетевой контроллер для централизованного управления сетями, а также программный балансировщик нагрузки для обеспечения высокой доступности.

В System Center 2016 теперь появилась поддержка свежей операционной системы Windows 10 и удаленное управление Windows Mobile устройствами непосредственно из инфраструктуры заказчика.

Важной особенностью новой версии Windows Server 2016 станет упрощенная работа c технологиями контейнеризации, в программном пакете Visual Studio 2015 и Visual Studio Online развертывать приложения возможно будет с помощью стандартных инструментов среды разработки.